L'Intracoastal Waterway attraversa Jupiter come un nastro salmastro dove la marea dell'Atlantico incontra le sorgenti d'acqua dolce, formando una delle concentrazioni più dense di delfini tursiopi e lamantini delle Indie occidentali nel sud della Florida. I tour fluviali di Jupiter navigano in questi canali protetti tutto l'anno, seguendo un percorso che costeggia l'insenatura di Jupiter (Jupiter Inlet) e il faro a strisce rosse che guida le navi dal 1860. Il canale è stato dragato e collegato a tappe tra il 1881 e il 1912, trasformando una serie di torrenti di marea e foci fluviali in un passaggio continuo che oggi si estende da Boston alle Florida Keys. Negli anni '20, Jupiter era diventato un punto di scalo per i contrabbandieri di rum e i charter di pesca sportiva; oggi le stesse acque ospitano operatori di ecoturismo e team di ricerca marina che monitorano le spiagge di nidificazione delle tartarughe caretta. Il paesaggio alterna baie aperte a stretti tunnel di mangrovie. Le mangrovie rosse ancorano la riva con radici a trampolo che ospitano giovani snook e granchi; le mangrovie nere occupano il terreno più elevato dietro di loro, con i loro pneumatofori che emergono come boccagli dal fango. I falchi pescatori nidificano sopra i segnali di canale e le spatole rosate guadano nelle acque basse durante la bassa marea. Il tratto dell'Intracoastal di Jupiter si trova all'interno del bacino idrografico del fiume Loxahatchee, un fiume nazionale selvaggio e panoramico (National Wild and Scenic River) e il fiume più meridionale degli Stati Uniti continentali classificato come tale. Le temperature dell'acqua si mantengono tra i 22 e i 29 gradi Celsius, supportando specie tropicali e temperate in habitat sovrapposti. I delfini cacciano banchi di cefali in archi coordinati; i lamantini pascolano sui letti di alghe che costeggiano i canali più profondi. L'insenatura stessa è un passaggio dinamico soggetto a banchi di sabbia mutevoli e correnti veloci, navigabile solo da capitani che conoscono bene gli orari delle maree. Tenute fronte mare costeggiano l'isola barriera a est, con i loro moli privati che si estendono nel canale. Il DuBois Park occupa un tumulo di conchiglie costruito dal popolo Jeaga oltre due millenni fa; i rilievi archeologici hanno recuperato ceramiche e strumenti risalenti al 500 a.C. La laguna del parco offre acque calme per il lancio dei kayak, mentre la spiaggia dell'insenatura si affaccia sull'Atlantico aperto. Il Jupiter Inlet Lighthouse and Museum si erge per 33 metri, con la sua lente di Fresnel visibile a 18 miglia al largo. La torre è costruita con mattoni cotti a Filadelfia e spediti tramite goletta nel 1859; rimane un ausilio attivo alla navigazione sotto l'autorità della Guardia Costiera. Gli operatori turistici che partono dall'area di Jupiter offrono crociere narrate che interpretano l'ecologia e la storia marittima del canale, con percorsi che vanno da giri di un'ora a escursioni di mezza giornata risalendo il fiume fino alle paludi di cipressi del Jonathan Dickinson State Park. Le variazioni stagionali influenzano l'attività della fauna selvatica: i lamantini si radunano vicino agli scarichi di acqua calda in inverno; i tarpon migrano attraverso l'insenatura in primavera; i piccoli di tartaruga marina emergono sulle spiagge adiacenti da luglio a ottobre. Il canale rimane un passaggio commerciale attivo, che ospita barche da pesca commerciale, barche a vela dirette alle Bahamas e imbarcazioni da diporto che si spostano tra i porti turistici.