L'Intracoastal Waterway traverse Jupiter comme un ruban saumâtre où la marée de l'Atlantique rencontre les sources d'eau douce, formant l'une des plus fortes concentrations de grands dauphins et de lamantins des Caraïbes du sud de la Floride. Les excursions fluviales à Jupiter parcourent ces canaux protégés toute l'année, suivant un itinéraire parallèle à l'inlet de Jupiter et au phare aux rayures rouges qui guide les navires depuis 1860. La voie navigable a été draguée et connectée par étapes entre 1881 et 1912, transformant une série de criques à marée et d'embouchures de rivières en un passage continu qui s'étend aujourd'hui de Boston aux Florida Keys. Dans les années 1920, Jupiter était devenu un point de transit pour les contrebandiers d'alcool et les charters de pêche sportive ; aujourd'hui, ces mêmes eaux accueillent des opérateurs d'écotourisme et des équipes de recherche marine surveillant les plages de ponte des tortues caouannes. Le paysage alterne entre baies ouvertes et tunnels de mangroves étroits. Les palétuviers rouges ancrent le rivage avec leurs racines échasses qui abritent des snooks juvéniles et des crabes ; les palétuviers noirs occupent les terres plus élevées derrière eux, leurs pneumatophores s'élevant comme des tubas à travers la vase. Les balbuzards pêcheurs nichent au sommet des balises de chenal, et les spatules rosées pataugent dans les eaux peu profondes à marée basse. Le tronçon de l'Intracoastal de Jupiter se trouve dans le bassin versant de la rivière Loxahatchee, une rivière classée « Wild and Scenic » (sauvage et pittoresque) au niveau national, étant la rivière la plus au sud des États-Unis continentaux à bénéficier de cette classification. Les températures de l'eau se maintiennent entre 22 et 29 degrés Celsius, soutenant des espèces tropicales et tempérées dans des zones qui se chevauchent. Les dauphins chassent les bancs de mulets en arcs coordonnés ; les lamantins broutent sur les herbiers marins qui bordent les chenaux plus profonds. L'inlet lui-même est une passe dynamique sujette au déplacement des bancs de sable et aux courants rapides, navigable uniquement par les capitaines familiers avec le calendrier des marées. Des propriétés au bord de l'eau bordent l'île barrière à l'est, leurs quais privés s'étendant dans le canal. Le parc DuBois occupe un amas coquillier construit par le peuple Jeaga il y a plus de deux millénaires ; des études archéologiques ont révélé des céramiques et des outils datant de 500 av. J.-C. La lagune du parc offre des eaux calmes pour la mise à l'eau de kayaks, tandis que la plage de l'inlet fait face à l'Atlantique. Le phare et musée de l'inlet de Jupiter mesure 33 mètres de haut, sa lentille de Fresnel étant visible à 29 kilomètres au large. La tour est construite à partir de briques cuites à Philadelphie et expédiées par goélette en 1859 ; elle reste une aide active à la navigation sous l'autorité des garde-côtes. Les opérateurs touristiques au départ de la région de Jupiter proposent des croisières commentées qui explorent l'écologie et l'histoire maritime de la voie navigable, avec des itinéraires allant de boucles d'une heure à des excursions d'une demi-journée en amont vers les marécages de cyprès du parc d'État Jonathan Dickinson. Les variations saisonnières affectent l'activité de la faune : les lamantins se regroupent près des décharges d'eau chaude en hiver ; les tarpons migrent à travers l'inlet au printemps ; les nouveau-nés de tortues de mer émergent sur les plages adjacentes de juillet à octobre. La voie navigable reste un canal actif, accueillant des bateaux de pêche commerciale, des voiliers en route pour les Bahamas et des navires de plaisance circulant entre les marinas.