Der Intracoastal Waterway schlängelt sich als brackiges Band durch Jupiter, wo die Gezeiten des Atlantiks auf Süßwasserquellen treffen, und bildet eine der dichtesten Konzentrationen von Großen Tümmlern und Karibik-Manatis in Südflorida. Jupiter River Touren befahren diese geschützten Kanäle ganzjährig auf einer Route, die parallel zum Jupiter Inlet und dem rot-weiß gestreiften Leuchtturm verläuft, der seit 1860 Schiffe leitet. Die Wasserstraße wurde in Etappen zwischen 1881 und 1912 ausgebaggert und verbunden, wodurch eine Reihe von Gezeitenbächen und Flussmündungen in eine durchgehende Passage verwandelt wurde, die heute von Boston bis zu den Florida Keys reicht. In den 1920er Jahren war Jupiter ein Umschlagplatz für Schmuggler und Sportfischer; heute beherbergen dieselben Gewässer Ökotourismus-Anbieter und Meeresforschungsteams, die die Niststrände der Unechten Karettschildkröten überwachen. Die Landschaft wechselt zwischen offenen Buchten und engen Mangroventunneln. Rote Mangroven verankern das Ufer mit Stelzwurzeln, die jungen Snook-Fischen und Krabben Unterschlupf bieten; schwarze Mangroven besiedeln den höher gelegenen Boden dahinter, wobei ihre Atemwurzeln wie Schnorchel aus dem Schlamm ragen. Fischadler nisten auf den Fahrwasserzeichen und Rosalöffler waten bei Ebbe durch das Flachwasser. Jupiters Abschnitt des Intracoastal liegt innerhalb des Einzugsgebiets des Loxahatchee River, einem „National Wild and Scenic River“ und dem südlichsten Fluss der kontinentalen Vereinigten Staaten mit dieser Klassifizierung. Die Wassertemperaturen liegen zwischen 22 und 29 Grad Celsius, was sowohl tropische als auch gemäßigte Arten in überlappenden Bereichen unterstützt. Delfine jagen in koordinierten Bögen auf Meeräschenschulen; Manatis grasen auf den Seegraswiesen entlang der tieferen Kanäle. Das Inlet selbst ist eine dynamische Passage, die sich verschiebenden Sandbänken und starken Strömungen unterliegt und nur von Kapitänen befahren werden kann, die mit dem Gezeitenplan vertraut sind. An der Barriereinsel im Osten reihen sich Villen am Wasser aneinander, deren private Bootsstege in den Kanal ragen. Der DuBois Park nimmt einen Muschelhaufen ein, der vor über zwei Jahrtausenden vom Volk der Jeaga aufgeschüttet wurde; archäologische Untersuchungen förderten Keramik und Werkzeuge aus der Zeit um 500 v. Chr. zutage. Die Lagune des Parks bietet ruhiges Wasser für Kajakstarts, während der Inlet-Strand zum offenen Atlantik zeigt. Der Jupiter Inlet Lighthouse and Museum ist 33 Meter hoch und seine Fresnel-Linse ist 18 Meilen auf dem Meer sichtbar. Der Turm wurde aus Ziegeln erbaut, die 1859 in Philadelphia gebrannt und per Schoner verschifft wurden; er ist weiterhin ein aktives Navigationshilfsmittel unter der Aufsicht der Küstenwache. Reiseveranstalter, die im Raum Jupiter starten, bieten geführte Bootstouren an, die die Ökologie und maritime Geschichte der Wasserstraße erläutern, mit Routen von einstündigen Rundfahrten bis hin zu Halbtagesausflügen flussaufwärts zu den Zypressensümpfen des Jonathan Dickinson State Park. Saisonale Schwankungen beeinflussen die Tierwelt: Manatis sammeln sich im Winter in der Nähe von Warmwassereinleitungen; Tarpune wandern im Frühjahr durch das Inlet; Meeresschildkröten schlüpfen von Juli bis Oktober an den angrenzenden Stränden. Die Wasserstraße bleibt ein aktiver Kanal für kommerzielle Fischerboote, Segelschiffe auf dem Weg zu den Bahamas und Freizeitboote, die zwischen den Yachthäfen verkehren.